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并发成肛瘘疾病。随着脓肿的不断胀大，脓腔破溃，脓液流出，外口形成，并发成肛瘘。患者有时可能不会察觉到脓肿破溃流脓，但会感到肛周疼痛减轻，发热下降，其实不是病情好转，而是急性的肛周脓肿已并发为了肛瘘。

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感染流脓。肛瘘一旦形成，自愈的机会极少，并带来一系列的危害。首先肛瘘感染发炎后，肛门疼痛剧烈，溃破后脓液污染内裤，刺激肛周局部皮肤，肛门瘙痒剧烈。久而久之可使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，发作亦越频繁，形成互为因果。

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瘘口、瘘管增加。脓肿破溃后，形成瘘管，如果置之不理，细菌、残余脓液等可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而成多发性、复杂性肛瘘，也会感染蔓延周围正常肌肉组织，形成多条瘘管及瘘口，不但给治疗带来很多困难，而且也影响到肛门的生理功能。

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肛门失禁。任由瘘管发展，可对括约肌造成严重损伤，这也是以上提到过的影响肛门生理功能，严重者引发肛门失禁等并发症。